FynBus' bestyrelse er trafikselskabets øverste daglige myndighed og består af udpegede repræsentanter fra Region Syddanmark, samt fra de fynske kommune, udpeget af repræsentantskabet.
Bestyrelsen afholder møder cirka en gang om måneden.
Referater fra bestyrelsen
Bestyrelsen består af:
| Formand Torben Andersen (SF) Kerteminde Kommune | |
| Næstformand Lasse Krull (C) Region Syddanmark | |
| William Jensen (A) Region Syddanmark | |
| Kasper Westh (SF) Odense Kommune | |
| Niels Bebe (V) Middelfart Kommune | |
| Niels Peter Ellegaard (A) Faaborg-Midtfyn Kommune | |
| Lars Kristian Pedersen (V) Assens Kommune | |
| Bruno Hansen (SF) Svendborg Kommune | |
|
|
Kim Johansen (A)
|
|
1. suppleant, Peter Jordhøj (A)
| |
| 2. suppleant, Bjarne Møller Petersen (V) Langeland Kommune | |
|
3. suppleant, Peter Lund (L) |